M-x flycheck-verify-setup をするとチェックしてくれる。 flake8 の設定が変だったけど、そもそも pip が変だったので python3.9 用の pip を入れ直してから、flake8 をインストールやり直したら解決した。たぶん。 で、エラーが出ている時って警告表示出な…