flake8 が応答なしになったり、 flake8 の ignore 設定が効かなくなったり、 数時間かけて試行錯誤した結果 elpy を無効にしたら直りました。 ちなみに elpy のタグジャンプもぶっ壊れてます。 もう elpy は使うのやめます。