CL も直してみた。

slime と ac-slime についてもローカルで持つのをやめて、melpa の最新版に置き換えます。
以下設定です。

;;; slime
(setq slime-net-coding-system 'utf-8-unix)
(setq inferior-lisp-program "/usr/bin/clisp")

;;; ac-slime
(add-hook 'slime-mode-hook 'set-up-slime-ac)
(add-hook 'slime-repl-mode-hook 'set-up-slime-ac)

CLISP は別途インストールしてください。
M-x slime で CLISP が起動します。(終了は ,quit)

蛇足
ローカルで持っていた el ファイルは完全に無くなりましたw