こちらで紹介されている設定を参考に・・・。
というか、emacs-lisp ぜーんぜんわかんないので、まるパクリコピぺなんですけどねw
Emacs 26.3 だと、flymake-create-temp-with-folder-structure は flymake-proc-create-temp-with-folder-structure を使ってね、と警告が出るので直しました。で、tramp を使ってリモートの Linux マシンのコンテナ内のファイルを開いてみると・・・
構文チェックがきちんと働きました! Emacs 固まらないかも。やった!